Για την παρακολούθηση του προγράμματος απαιτείται η καταβολή διδάκτρων, το ύψος των οποίων καθορίζεται κατ’ έτος από την Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών του ΔΠΜΣ «Μουσειακές Σπουδές». Για τους νεοεισαχθέντες στο ΔΠΜΣ το ακαδημαϊκό έτος 2021-2022, τα συνολικά δίδακτρα έχουν καθοριστεί σε 2.100 ευρώ. Η καταβολή των διδάκτρων γίνεται σε τρεις ισόποσες δόσεις των 700 ευρώ στο Α’, Β΄και Γ΄εξάμηνο.