Το ΔΠΜΣ «Μουσειακές Σπουδές» διοικείται από μία Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών (ΕΠΣ), η οποία στελεχώνεται από μέλη ΔΕΠ από το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας (ΕΚΠΑ), από το Τμήμα Γεωλογίας και Γεωπεριβάλλοντος (ΕΚΠΑ) και από το Τμήμα Συντήρησης Αρχαιοτήτων και Έργων Τέχνης (ΠΑΔΑ).
Η ΕΠΣ καθορίζει τις λεπτομέρειες εφαρμογής των κριτηρίων επιλογής των μεταπτυχιακών φοιτητών, συγκροτεί τις επιτροπές εξετάσεων, ορίζει τις επιτροπές αξιολόγησης για την επιλογή των εισακτέων, ορίζει τους Επόπτες Σπουδών των Μεταπτυχιακών Φοιτητών, αναθέτει τη διδασκαλία μαθημάτων στο ΔΠΜΣ, ορίζει τα μέλη συμβουλευτικών επιτροπών για την εκπόνηση των ΜΔΕ και αντιμετωπίζει κάθε ζήτημα που προβλέπεται από τις επιμέρους διατάξεις της. Επιπρόσθετα, διαχειρίζεται τα οικονομικά του ΔΠΜΣ και είναι υπεύθυνη για διοικητικά, ακαδημαϊκά και φοιτητικά θέματα.